Dintre del conjunt de la col•lecció pictòrica del museu cal destacar, amb personalitat pròpia, el fons de retrats de vaixells. Es tracta d’un tipus de pintura molt típica dels museus marítims, però també en cases particulars, on les famílies conserven imatges dels vaixells que havien posseït o comandat els seus avantpassats.
El retrat de vaixell és una pintura que vol mostrar amb la màxima fidelitat un vaixell en concret, una mena de fotografia de l’embarcació. Hi ha una voluntat d’identificar i caracteritzar un vaixell en concret, amb el seu nom i pavelló, la contrasenya o bandera de l’armador, i generalment una llegenda identificadora o una referència a un personatge o fet. En general van signats per pintors molt prolífics (Pineda, Evans, Mongay, Amat, Martí Barrionuevo, etc.) i porten la data. Com es pot veure, el més important és mostrar el vaixell tal com és, i les qüestions estètiques són secundàries; fins i tot el fons, sigui mar obert o un port, tenen una importància menor.
Curiosament la gran època del retrat de vaixell coincideix amb el desenvolupament de la fotografia, i és que resulta molt difícil captar amb la càmera un vaixell en navegació, vist de costat i amb molt detall, cosa que la pintura sí podia fer.