Aunque cualquier objeto puede ser un documento para el investigador, de forma genérica hablamos de documentos cuando pensamos en un soporte de papel o pergamino sobre el cual encontraremos información. Los fondos del museo son muy ricos en documentos de todo tipo, desde los fondos de empresa a los planos de embarcaciones, pasando por las patentes de sanidad, las acciones, los diarios de navegación y un largo etc. En algunos casos los documentos forman parte de grandes fondos como la Compañía Trasatlántica, el Gremio de descargadores, estibadores y carreteros de mar de Barcelona, la Junta de Obras del Puerto de Barcelona, la Unión Naval de Barcelona, Estibarna, etc., incluidos fondos de personas destacadas en el mundo marítimo. En otros casos se trata de colecciones de documentos acumulados durante décadas por el museo, mediante compras o la recuperación de documentación personal, que permite conservar algunos tipos de documentos que son raros en otros archivos.
Algunos documentos permiten conocer las actividades marítimas y la vida de la gente de mar; otros hacen referencia a hechos históricos o a personajes destacados en el mundo marítimo. Algunos incluso tienen un valor estético, pero todos acaban ilustrando la aventura de la navegación en alguna de sus facetas.
