La conservación de embarcaciones originales ha sido, desde su creación, una de las misiones del Museu Marítim de Barcelona. Actualmente el museo preserva 85 barcos que, en su mayor parte, son un reflejo de la cultura y la historia marítima de Cataluña.
La mayor parte de las embarcaciones se conservan en seco; una vez abandonado el mar o el río, han quedado como testigos de su actividad mercantil, pesquera o de ocio. Pero el museo también tiene 10 embarcaciones totalmente operativas, es decir, habilitadas para la navegación. Constituyen una verdadera flota del museo y están repartidas en diferentes espacios del Port Vell de Barcelona. Participan en actividades educativas y ciudadanas, con la ayuda de profesionales y voluntarios. Son visitables y permiten mantener en vida la navegación tradicional o deportiva y la memoria de la gente de mar.
Un caso singular es el de la Galera Real, una réplica a medida natural de una galera del siglo XVI, realizada dentro del museo en la década de los años sesenta del siglo pasado y que representa una reconstrucción hecha a partir de una búsqueda histórica. No ha navegado nunca ni es original, pero por su espectacularidad y por lo que representa de hipótesis histórica, es una de las piezas estrella de la colección.